Не смогли до конца затянуться раны восстания 1830-1831 года на территории бывшей Речи Посполитой, как, спустя три десятка лет, начинаются новые волнения. Уже прошло девяносто лет со времен первого раздела Речи Посполитой, а ее жители, поляки и литвины (так себя называли предки белорусов и литовцев), по прежнему не чувствовали себя частью Российской империи. Несогласие с политикой царского самодержавия привело к очередному кровопролитию. Традиционно в русской историографии это восстание называют польским, хотя всем известно, что против царской власти выступили далеко не одни поляки. Восстание в Царстве Польском в январе 1863 года было в значительной степени поддержано Литовским провинциальным комитетом, главой которого был белорусский писатель и революционер Константин (Кастусь) Калиновский. В данном случае термин «литовский» используется как наследие Великого княжества Литовского. В его составе были в основном представители белорусской шляхты. С 20 января объединение именовалось уже как «Временное провинциальное правительство Литвы и Беларуси». К восстанию также присоединились Волынская и Киевская губернии.

В Царстве Польском катализатором восстания стал рекрутский набор в начале января 1863 года. Восстание не имело четкого плана и единого центра управления. Повстанцы были плохо вооружены, не имели боевого опыта. В основном применялась тактика партизанской войны. Кроме того, к боевым действиям не удалось привлечь в значительной степени крестьянство, а также негативно настроенных к царской власти революционеров непосредственно в самой России. Повстанцам также не удалось привлечь достаточного внимания к своей проблеме со стороны международного сообщества. Компания 1863 года, вероятно, была обречена на провал. Разрозненные боевые компании различных руководителей движения не принесли нужных результатов. Как итог — полное подавление в последующие несколько лет. Официально завершилось «январское восстание» летом 1864 года. Однако отдельные лидеры доставляли еще много хлопот российской власти до 1866 года.

Константин Калиновский, арестованный в январе 1864 года, в марте того же года был приговорен к казни через расстрел. Однако генерал-губернатор Муравьев настоял на повешении. Казнен Константин был через повешение в Вильно. Известно, что в момент зачитывания приговора, где его называли «дворянин Калиновский», он выкрикнул фразу «У нас нет дворян, у нас все равны!» Место погребения повстанцев вместе с Калиновским царские власти хранили в тайне во избежание паломничества. Но в 2017 году на горе Башни Гедиминаса в Вильнюсе, где предположительно могла проходить казнь, были обнаружены останки 20 человек. Вильнюсский университет провел антропологические исследования одного из черепов захороненных и с точностью 95% определил, что останки принадлежат Калиновскому. Генетическая экспертиза не проводилась, но в 2019 году останки вероятных участников восстания 1863 года были торжественно перезахоронены в Вильнюсе.

В результате восстания погибло около 30 тысяч человек, 38 тысяч были сосланы на каторжные работы, около 10 тысячам удалось эмигрировать. Потери более опытных, организованных и лучше вооруженных русских войск были значительно ниже, около 3,3-3,5 тысяч человек. По итогу в Российской империи начались репрессии в отношении поляков и католиков Западного края. Царство Польское перестало существовать, как автономия. Имения польских, литовских и белорусских шляхтичей — прямых или косвенных участников восстания конфискованы в доход государства либо в собственность русских дворян, лояльных власти. Знати католического вероисповедания запрещалось приобретать имения. Вся судебная, административная, управленческая структуры были приведены к общероссийским. Под руководством генерал-губернатора Муравьева начались массовые передачи зданий костелов православным, католические монастыри массово закрывались. В оставшихся костелах было принято решение вести документацию на русском языке Развернулось невиданное ранее массовое строительство типовых православных церквей, которые в Беларуси называют Муравьёвками. Угнетения католиков Литвы, Беларуси и Польши продолжалось до 17 апреля 1905 года. В этот день Николай II подписал указ «Об укреплении начал веротерпимости».